>   2016年

  ……1月

  ——下旬，冬月在地下都市西区第八区失去消息，其被抓去seele审问，冬月被加持救回，下午，加持被枪杀身亡。谍报部认为加持是事件主谋者，美里受到侦讯。

  ……2月

  ——上旬，第十五使徒来袭，后来零号机以朗基努斯之枪消灭目标。

  ——中旬，十六使徒来袭，零号机自爆与使徒同归于尽，丽的遗体在插入栓中发现，律子命秘密处理，真嗣发现丽毫发无伤，这其实已经是第三个丽了。

  ——几天后，美里解开胶囊，决心继承加持的心意，追查补完真相。同时，律子破坏dummysystem。

  ——下旬，明日香失踪。七日后，被谍报部二课寻回。

  ——第五适格者渚薰抵达nerv，真嗣对薰产生好感。同日，同步测试中，薰可以和未改写核心的贰号机同步，令众人惊讶。翌日，美理知道薰能自由设定与eva的同步率。途中薰同化贰号机，展开超强大at力场，形成结界，掩盖所有探测。丽亦展开同等力量的at力场，中和结界。

  ——最后使徒————熏，直接闯进中央教条区，并将最后防卫线，天国之门开启，初号机捕获使徒，但渚薰自愿被初号机杀害。

  ……3月

  ——上旬，某日上午5时59分，美里终于知道第2次冲击的秘密。

  ——律子对magi加上666号防壁，seele下令直接强行占据nerv本部设施。上午6时正，5国支部magi同时入侵nerv本部，目标在夺取magi主系统。