中国依靠强大的通信电子技术，已经将日军的一举一动掌握在手中，而日军虽然有美国提供卫星支持，但是中国台湾的伪装隐形技术还是让日军摸不到中国的虚实。中国航母编队强大的反潜反舰能力令日军潜艇的偷袭行动彻头彻尾的失败，日军十搜潜艇还未靠近孔子号航母的防御范围就被反潜驱逐舰发射的反潜导弹击沉，一些漏网之鱼也被守在一旁的帝皇级攻击型核潜艇所击沉。

  10时41分，日军联合舰队在潜艇部队覆灭之后就遭到中国300多枚反舰导弹的攻击，随后完成第一波攻击的舰载机开始对日舰队发动第二波导弹攻击，日本联合舰队只来得急向大本营发去一封“遭到攻击”的电报就全部葬身海底。日本大本营接到电报一看，众人就有种不祥的预感，恐怕日军联合舰队彻底完了。事实上也正像日本人想得那样，除了龟缩日本本土的第四护卫舰和一些地方舰队，所有参与琉球海战的日本海军全军覆没。