祯反而决心杀陈新甲，此人留不得。

  虽然刑部已经三次将定谳呈给崇祯，都没有定为死罪，按照《大明律》，不管如何加重处罪，陈新甲都没有可死之款，崇祯急了，将首辅周延儒、刑部尚书和左右侍郎、大理寺卿、都察院左右都御史召进乾清宫，地上跪了一片。

  崇祯厉声问道：“朕原叫刑部议陈新甲之罪，因见议罪过轻，才叫三法司会审，不料你们仍旧量刑过轻，显然是互为朋比，共谋包庇陈新甲，置祖宗大法于不顾，三法司大臣如此姑息养奸，难道以为朕不能治尔等之罪？”

  刑部尚书战栗说：“请陛下息怒，臣等谨按《大明律》，本兵亲自丢失重要城寨者可斩，而陈新甲无此罪，故臣等无法为陈新甲拟罪。”

  崇祯大怒道：“胡说！陈新甲他罪姑且不论，他连失洛阳、襄阳，福王生死不明，襄王等亲藩六王被贼人杀害，难道不更甚于失陷城寨么？为何斩不得？”

  左都御史辩说：“虽然宗室诸多连遭不测，但非本兵直接过错，还望皇上乞怜……”

  崇祯没耐心听下去，将御案一拍，哼道：“不许尔等再为陈新甲乞饶，速下去按两次失陷藩封议罪，下去！”

  首辅周延儒跪下道：“请陛下息怒，按律，敌兵不薄城，不至斩本兵……”

  崇祯打断道：“连陷七亲藩，不甚于敌兵薄城？先生勿言！”

  三法司大臣叩头退出，重新商议，虽然他们知崇祯决心要杀陈新甲，却仍希望有回心转意时侯，于是把陈新甲定为斩监”，呈报崇祯钦批，崇祯提起朱笔，批了立决二字。

  京师臣民闻知此事，舆论哗然，但没有人敢将真正的舆论传进宫中，于次日午日三刻，陈新甲于西市就斩，三日后，陈新甲被斩的消息传到了临清。