�隆四十五年，则开始委派八旗出身的大臣担任此职。定边左副将军职务由清朝直接委派大臣担任，标志着外蒙古的军政清朝从间接管辖转为直接管辖。

  更为重要的，就是对于在喀尔喀蒙古人中有着崇高威望的哲布尊丹巴活佛的转世系统的操纵。一世和二世哲布尊丹巴活佛都是在喀尔喀贵族土谢图汗家族中转世，从三世开始，清朝操纵必须在藏人中转世，并成为定制。活佛系统和喀尔喀贵族上层的血缘联系被切断。

  这些措施的实行，对于稳定外蒙古地区的统治无疑十分有利。但加重了外蒙古贵族和普通牧民对于清廷的不满。这些不满在清朝如日中天的时候，至多会出现一些牢骚，一些小的冲突，但在清朝大厦将倾的时候，便星火燎原一般汇集成分离运动的大火。

  鸦片战争之后，清朝内忧外患日甚一日，原本看成是樊篱的各少数民族地区都成为各列强的势力范围。蒙古地区的局势也愈加混乱、复杂，日、俄等国的势力逐渐深入其中。1912年7月第三次“日俄密约”签订时，两国相互承诺，“俄国承认日本在东北的特殊利益，日本承认俄国在外蒙古和西蒙古地区的利益”。这个条约，仅仅是俄日两国划分势力范围，俄国对于外蒙古地区的觊觎，是从来毫不掩饰的，频频利用清朝驻库伦办事大臣和外蒙古诸王公的矛盾，积极策划外蒙古从中国分离。

  俄国所进行的策划，最为主要的借口便是清朝当局对于在漠北蒙古人中享有至高无上地位的哲布尊丹巴活佛的不尊重。这倒也不完全是捏造，自1840年以后，哲布尊丹巴八世没有一次被清廷召见，而在他之前的五十年，历任哲布尊丹巴活佛没有受过一次朝廷的褒奖。朝廷的态度也影响了驻库伦办事大臣对于哲布尊丹巴的态度。1878年，新被任命为办事大臣的满人大臣志刚，刚一到任，便要求废除以往办事大臣谒见哲布尊丹巴时的叩拜礼，并要求哲布尊丹巴站立起来迎接。如果不从，便要上奏朝廷，让朝廷来解决。几经交涉，志刚终于同意哲布尊丹巴不用起身迎接，但也从此免除了叩拜之礼。以后的办事大臣也都遵循此例。

  这个问题现在看起来感觉无足轻重，但对于当时的外蒙古地区的蒙古人简直是不可忍受，而对于哲布尊丹巴自己，也视之为耻辱。

  基于以上的问题，我们就不难理解在1911年辛亥革命爆发前夜，有18名蒙古王公在库伦附近的博克多乌拉山中举行秘密会议，所通过的向哲布尊丹巴八世递送的呈文内容了：

  ‘我们的确再不能忍受满清办事大臣和官员们的贪欲，以他们对我国权利的掠夺了。虽然，努力争取独立和保护我们的黄教与国家是必要的，但是如果没有外国的援助，要独立将是困难的。因此，我们将派特使去我们的北方邻邦俄国，并以友好的方式阐述这些事实，请求它考虑给我们援助。杭达多尔济亲王、大喇嘛车林齐密特和官员海山已被任命为特使。‘（希.散达格《蒙古政治外交》第1卷，第244页，1971年乌兰巴托版）

  这个呈文，明白的说明要“争取独立”，原因是清朝对外蒙古“权力的掠夺”和要“保护我们的黄教”。

  而在独立政府向内蒙古王公发出的第一次《檄文》中也说：“现值南方大乱，各省独立，清皇权势，日就凌夷。国体变更，指日可待”；“我蒙古亦应联合各盟，自立为国，以便保我黄教，而免受人权力压制之苦。自应协力同心，奋勉图维”

  在第二次《檄文》中又说：“现南路敌人，行将举兵来伐，即应妥为防守，以固疆土。凡交界关卡之处，须不时细心巡查，免贻祸患。相应飞咨喀尔喀连界之锡林郭勒、乌兰察布、伊克昭盟长等，及阿拉善王查照，传饬所属各旗传谕各游蒙各沙毕奴仆等，如何定居？黄教如何扶持？各情形具闻，当奉法旨。非�